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IFOM-Fondazione Istituto FIRC di Oncologia Molecolare, Milano

Coordinatore

Prof.ssa Elisabetta Dejana  (elisabetta.dejana@ifom.eu, elisabetta.dejana@igp.uu.se )

Il progetto di ricerca

Il laboratorio di Biologia Vascolare del Cancro coordinato della Prof.ssa Dejana si compone di due unità di ricerca, una situata a Milano presso IFOM - Istituto FIRC di Oncologia Molecolare (https://www.ifom.eu/it/ricerca-cancro/ricerca-lab/ricerca-lab-dejana.php collegamento esterno) e una presso il dipartimento di Immunologia Genetica e Patologia presso l'Università di Uppsala, in Svezia (https://www.igp.uu.se/research/vascular-biology/elisabetta-dejana/ collegamento esterno). Il gruppo di ricerca coordinato dalla Prof.ssa Elisabetta Dejana all'interno del progetto di ricerca AIRC 5X 1000 Mynerva (#21267) si propone di caratterizzare l'etereogeneità delle cellule endoteliali nella nicchia ematopoietica dei pazienti affetti da neoplasie mieloidi Philadelphia Negative.
Il progetto di ricerca si avvale dell'esperienza scientifica maturata dal team della Prof.ssa Dejana nell'ambito della biologia vascolare del cancro, che ha evidenziato come la permeabilità dei vasi tumorali sia legata alla organizzazione aberrante delle giunzioni di membrana che tengono unite tra di loro le cellule endoteliali. La vascolatura che penetra nel tumore cambia le proprie caratteristiche normali: i vasi si presentano irregolari, sviluppano un lume alterato, allargato o ridotto. Nei vasi del tumore le cellule endoteliali perdono la normale contiguità. Come conseguenza i vasi perdono la loro integrità e questo rende la vascolatura estremamente instabile, fragile e permeabile e perciò facilmente emorragica.
Tenendo in considerazione quindi le conoscenze maturate negli anni dal laboratorio, l'obiettivo principale dello studio è quello di caratterizzare e definire la struttura del microambiente tumorale che caratterizza il midollo osseo e la milza dei pazienti studiati, focalizzando principalmente l'attenzione sul ruolo della componente endoteliale nella patogenesi della Mielofibrosi Primaria. Al fine di delucidare al meglio la struttura della nicchia ematopoietica, il gruppo di ricerca ha previsto l'utilizzo di nuovi approcci molecolari, quali ad esempio Single Cell Sequencing e Spatial Transcriptomics, con l'obiettivo di definire il profilo trascrizionale delle singole cellule coinvolte.
La possibiltà di caratterizzare ed eventualmente modulare le risposte delle cellule endoteliali può permettere, in stadi precoci, di indurre la regressione del tumore, bloccando l'angiogenesi, ma anche, in stadi successivi, può consentire permettere una migliore diffusione dei chemioterapici all'interno della massa tumorale.

Descrizione della struttura

Fondato nel 1998 da FIRC-AIRC, IFOM è un centro di ricerca dedicato allo studio della formazione e della diffusione dei tumori a livello molecolare, nell'ottica di un rapido trasferimento dei risultati dal laboratorio alla pratica diagnostica e terapeutica. Uno degli obiettivi principali di IFOM è quello di trasferire i dati sperimentali ottenuti in laboratorio alla pratica clinica, diagnostica e terapeutica, avvalendosi sia di network internazionali sia di una pluralità scientifica e tecnologica rappresentata da continui incontri di aggiornamento e dall'utilizzo di piattaforme interdisciplinari avanzate che in IFOM fanno capo alla Società Benefit COGENTECH Srl controllata completametne da IFOM.
All'interno di IFOM, il laboratorio della Prof.ssa Dejana, prevede l'utilizzo di diverse tecnologie e di molteplici servizi erogati da COGENTECH. In particolare:

  • Unità di Sequenziamento e Real Time Q-PCR: sequenziamento di nuova generazione di DNA, RNA, piccoli RNA (miRNA, lcRNA) e microbioma, Real Time Q-PCR.
  • Unità di Microarray: profili di espressione genica su RNA totale, miRNA, mRNA da cellule o tessuti di origine umana, murina e di altre specie. Analisi del genoma umano che permette lo studio del cariotipo molecolare, la genotipizzazione e l'identificazione di Copy Number Variations utilizzando arrays Affymetrix® ad altissima risoluzione.
  • Unità di Imaging: microscopia confocale (SP5 e SP8 Leica), microscopia a fluorescenza (Leica), Time Lapse Imaging, microscopia a due fotoni, applicazioni di microscopia avanzata (FRAP, FRET e fotoattivazione), analisi di immagine.
  • Unità di Istopatologia: processo di inclusione in paraffina, taglio di sezioni tissutali (incluse in paraffina o in OCT), colorazioni in immunoistochimica e in immunofluorescenza, messa a punto di marcature specifiche.
  • Mouse facility: due aree suddivise, una per gli esperimenti e una per gli incroci di ceppi murini, un'area microbiologicamente controllata, due veterinari. Gli animali vengono mantenuti nelle Individually Ventilated Cages (IVC), in modo da facilitare il biocontenimento e prevenire l'ingresso di microorganismi esterni.
  • Unità di Biologia Cellulare: cappe biologiche BSL2, stanze adibite alla manipolazione di adenovirus, lentivirus e retrovirus, Cell Repository (più di 450 linee cellulari), autenticazione e caratterizzazione delle linee cellulari, Biobanca campioni umani, Incucyte
  • Unità di Citofluorimetria: MoFlo Astrios Beckman Coulter, FACSAriaIIu Becton Dickinson, Attune NxT Life Technologies, FACSCantoII Becton Dickinson, FACSCalibur Becton Dickinson
  • Unità di proteomica: proteomica, spettrometria di massa e analisi dati
  • Zebrafish Unit: manipolazione di Zebrafish, generazione di ceppi geneticamente modificati, iniezione di DNA, RNA, proteine o morpholino, screening di molecole e farmaci.

Presso il laboratorio di Uppsala, si trova inoltre una piattaforma di Single Cell Sequencing (10X Genomics).
Infine la Prof.ssa Dejana, in qualità di PI presso l'Università di Uppsala ha accesso alle Unità tecnologiche del SciLifeLab, Uppsala (https://www.scilifelab.se/ collegamento esterno), tra le quali si distinguono le Unità di Sequencing e Single Cell Biology, Genomica, Spatial Omics e Proteomica.